Os primeiros habitantes de Bom Jesus da Penha foram os índios botocudos, quando só existiam matas. Com o passar do tempo apareceram novos habitantes.
Aos dezoito de maio de 1.870 o Sr Joaquim Pedro Pires e sua esposa Sra. Ignacia Maria de Jesus resolveram doar uma área de 37 alqueires, para construção de uma capela em louvor ao Senhor Bom Jesus da Penha. Essa capela teria tido como encarregado da construção o Sr. Antônio José de Almeida Barros. Foram então fundados os primeiros bairros rurais do município: Bairro da Penha, Bairro Palmeiras e Bairro Britos. Finalmente surgiu o povoado contando com apenas uma rua, na qual foram construídas algumas casas para residências de famílias e uma casa comercial, de propriedade do Sr. José Custódio Ferreira.
Os moradores mais antigos do município contam histórias a respeito da origem do município, onde não se sabe bem o que é realidade ou lenda.
Há quem diga que em meados do século passado, a Sra Ignácia Maria de Jesus, doadora das terras para o povoamento da região era casada, em seu primeiro matrimônio, com um tal de Sr. Targino, e moravam na região do Bairro da Penha, no município de Nova Resende. Nessa época, o local do atual povoamento de Bom Jesus da Penha era mato e ainda existiam escravos, sendo essa senhora e seu marido donos de vários. Eis que a Sra. Ignacia tinha muito carinho com uma negra, e que por algum motivo o marido mando açoitar a escrava, expulsando-a posteriormente para a senzala. A Sra. Ignacia tendo se compadecido desse fato passou a levar para a tal negra biscoitos e outras quitandas, que eram feitas em sua casa. O marido descobrindo isso, por razões de ciúmes, resolveu matar a esposa. Trancou-a em um quarto e enquanto amolava o facão, chegou um boiadeiro a fim de comprar alguns bois, atrasando assim o assassinato.
A Sra Ignacia fez então uma prece a N. Sra. Da Penha, suplicando que a libertasse daquele cativeiro e, se assim ocorresse, prometeu erguer uma capela em seu louvor como gratidão. Eis então que a porta do quarto é facilmente aberta, e a prisioneira foge. Caminhando pelo meio do mata, ao ser perseguida por cães e escravos, a mando de seu marido, sobe em uma árvore. Quando os cães se aproximaram, Ignacia deu-lhes um sinal para que os mesmos saíssem. Esses obedeceram, porque a conheciam bem, afinal era ela quem lhes dava alimento. Quando os escravos se aproximaram, fingiram não a ver, pois tinham por ela grande estima, já que ela os havia conquistado com presentes e atos de caridade.
O fato é que Ignacia caminhou até a cidade de Alfenas e só retornou quando recebeu notícias de que o marido estava enfermo, prestes a morrer: segundo depoimentos Targino teria sido picado por uma cobra bastante venenosa e dizem, ainda, que quando Ignacia chegou perto da cama do enfermo, ele tentou lhe acertar um chute. Ignacia mandou erguer uma capela a N. Sra.da Penha, cumprindo, assim, sua promessa. Depois de casada com o Sr. Joaquim Pedro Pires, o casal faz a doação de uma área para que ali se desenvolvesse um povoado, como consta da história oficial do município.
A historia do povoamento de Bom Jesus da Penha se inicia em 1.875, quando foi criado como distrito do município de Passos, passando depois a ser incorporado, sucessivamente, aos municípios de Cabo Verde, Jacuí e, a partir de 1911, ao município de Nova Resende. Em dezembro de 1962, em virtude da Lei Estadual nº 2.764, foi elevado a categoria de município; foi instalado em 01 de março de 1.963, sendo desmembrado do município de Nova Resende. Nessa época a cidade contava com 100 casas, sendo, no entanto, distrito único e pertencente á comarca de Nova Resende.
Finalmente surgiu a cidade contando com apenas uma rua, na qual foram construídas algumas casas de família e uma casa comercial, cujo proprietário era o Sr. José Custódio Ferreira. O primeiro cartório foi fundado no ano de 1.916, o proprietário era o Sr. Antônio Lúcio. A primeira escola pública funcionou na “Casa Santa” e a Professora era a Dona Maria Brandão.
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